هى رقية بنت الإمام على رضى الله عنهما ‘جاءت إلى مصر مع اختها السيدة زينب الكبرى عقب معركة كربلاء خوفا من بطش الأمويين بعد توليهم السلطة ‘واختارت السيدة زينب مصر أن تكون ملجأ آمن لكل آل بيت رسول الله صلى الله عليه وسلم ‘كما كان يأتيها أكابر مصر وعلمائها والصالحين منهم لزيارتها ومودتها كنوع من تعلق المصريين بمحبة آل البيت ‘وتزوجت السيدة رقية ابن عمها مسلم ابن عقيل .
يقع مسجد السيدة رقية بجوار البوابة المواصلة إلى مسجد السيدة نفيسة بحى الخليفة بشارع الأشراف’وهو فى الأصل مسجد فاطمى صغير وكان يسمى بمسجد الأندلس .
بنى فى عهد الخليفة الفاطمى الحافظ لدين الله 527 ه ‘وفى عام 533ه أمرت السيدة (علم الأمرية) بتجديد وترميم المسجد.
وفى العصر العثمانى تم ترميم المسجد وتجديده بالكامل على يد (عبد الرحمن كتخدا ) فى القرن الثامن عشر’ثم جدد المسجد مرة أخرى على يد(لجنة الحفاظ على التراث الفن العربى)عام 1916م.
ويكون طريق الدخول الى المقام عن طريق سقيفة تتقدمه بثلاث فتحات معقودة، ويبلغ طول هذه السقيفة 12.5 متر، وعمقها 2.5 متر، ويتكون الضريح من مستطيل يتوسط ضلعه الغربى المدخل، وعلى جانبيه محراب يعلو كل منهما شكل (محارة) تتفرع فصوصها من الوسط.
أهم ما يسترعى النظر فى هذا المشهد محرابه الجصى الكبير الذى يعتبر قطعة زخرفية رائعة الجمال، فهو يتكون من تجويف تغطيه طاقية مضلعة تتشعب أضلاعها المزدانة فى الوسط بكلمة “علىّ” ويحيط بها كلمة “محمد” مكررة وتنتهى هذه الأضلاع عند حافة عقد الطاقية بمقرنصات وحليات إسلامية وزخارف جميلة يعلوها طراز من الكتابة الكوفية المزخرفة، ويميل قليلا إلى الخارج، وفوقه طراز آخر مزخرف بوحدات مضفورة، ويرى عند وسط الإيوان أمام المحراب الكبير تابوت من الخشب محلى بزخارف بارزة جميلة ومزدان بكتابات كوفية مزخرفة اشتملت على آيات من القرآن الكريم وعلى تاريخ صنعه سنة 533 هجرية الموافق 1138/م، وقد صنع لهذا المشهد محراب متنقل من الخشب بين سنتى 549، 555 هجرية الموافق 1154م حافل بشتى الزخارف والكتابات، وبلغت فيه صناعة النجارة وزخرفتها مستوى رفيع من الروعة والبهاء، وهو مودع الآن بدار الآثار العربية مع محرابين آخرین صنع أحدهما بين سنتى 532 – 541 هجرية الموافق 1137 م يخص مشهد السيدة نفيسة، أما المحراب الثانى فقد أمر بصنعه الآمر بأحكام الله الفاطمى للجامع الأزهر سنة 519 هجرية الموافق 1125ميلادية.
جاء إحلال وترميم مسجد السيدة رقية ضمن خطة الدولة لإحياء مسار آل البيت على طول شارع الأشراف بالخليفة، بدء من ميدان السيدة نفيسة وحتى ميدان السيدة زينب، وشملت خطة التطوير مشهد السيدة رقية، ومشهدى عاتكة والجعفرى.